Vas Koštabona se nahaja v slovenskem predelu Istre in spada v Mestno občino Koper. Leži v jugozahodnem delu slikovitega Šavrinskega gričevja, na ozkem pomolu nad reko Dragonjo in potokom Supot.
Nad vasjo je zaselek Plešivica, na obronkih pod vasjo pa Hrvatini in Kapeli na Škrlinah. Po izročilu naj bi na kraju, kjer je bila kasneje zgrajena župna cerkev sv. Kozme in Damijana, stal antični tempelj, ki je bil posvečen boginji plodnosti, materinstva in zdravja Boni. Koštabono (Costa bona) je nemški cesar Konrad II. Salijski leta 1028 podelil oglejskim patriarhom, od leta 1211 pa je kot fevd pripadala družini Verzi iz Kopra. Kraj je bil obzidan in utrjen z obrambnim stolpom, kar je razvidno iz poročila koprskega kapitana in podestata Francesca Maura iz leta 1558. V vasi se je v skromni kmečki hiši rodil blaženi diakon Elij, učenec svetega Mohorja, apostol in zavetnik Kopra ter misijonar Istre. V 19. stoletju je kraj kot katastrska občina spadal pod občino Pomjan in pod pomjansko župnijo, ki je skrbela za osnovnošolski pouk. Leta 1913 je začela delovati tudi italijanska ljudska šola. V Koštaboni so tri cerkve. Prva in največja, ki je bila nekdaj romarska cerkev, je posvečena sv. Kozmi in Damjanu, mučencema in zavetnikoma zdravja, druga je posvečena Blaženemu Eliju ter tretja cerkev sv. Andreja, ki je pokopališka. V povezavi s cerkvami in zavetniki so se ohranili mnogi vaški običaji in prazniki, ki še sedaj privabljajo številne obiskovalce od blizu in daleč. Vas je poznana kot zgled ohranjene vaške arhitekture, ki je večinoma ohranjena v tradicionalnem slogu.
Vaški tloris je podoben elipsi. Iz glavne ulice vodijo poti na posamezna dvorišča. Koštabona predstavlja izhodiščno točko turistične pešpoti, ki se imenuje Pot vodnih virov in poteka v srednjem porečju reke Dragonje. Blizu naselja je slap Supot.