Naravni rezervat Škocjanski zatok se razprostira v neposredni bližini mesta Koper. Rezervat predstavlja preostanek morja, ki je nekdaj obdajalo Koper. Je okoli 120 hektarjev veliko sredozemsko mokrišče in istočasno največje polslano morje v Sloveniji. Škocjanski zatok je izjemnega pomena zaradi svoje bogate flore in favne. Za obiskovalce je odprt vse dni v letu.
Po obrobju sladkovodnega dela naravnega rezervata poteka urejena 2 kilometra dolga krožna učna pot, ki se na štirih območjih razširi v opazovalnice. Le – te imajo izobraževalne vsebine, kjer lahko spoznavamo živalski in rastlinski svet sredozemskih močvirij ali pa si privoščimo krajši počitek.
Ob poti so urejene mlake različnih oblik in velikosti, v katerih lahko vidimo številne vrste plazilcev, dvoživk in nevretenčarjev. Pri upravljanju Škocjanskega zatoka so v veliko pomoč staro istrsko govedo (boškarini) in kamarški konji, ki s pašo vzdržujejo visoko vrstno pestrost rastlinja močvirnih travnikov.
Naravni rezervat sestavljata dva območja, ki sta sladkovodno močvirje in polslana ali brakična laguna. Sladkovodno močvirje sestavljajo močvirnati travniki in odprte vodne površine, ki so obdane s toploljubnimi grmišči in trstičjem na Bertoški bonifiki. Laguno sestavljajo gnezditveni otočki, polslane mlake in poloji, na katerih se razraščajo različne vrste slanuš.
V Škocjanskem zatoku poleg gnezdeče čapljice domuje še osem drugih vrst – mala bela čaplja, velika bela čaplja, siva čaplja, rjava čaplja, čopasta čaplja, kravja čaplja, kvakača ter bobnarica. Najpogostejša čaplja rezervata je mala bela čaplja, ki jo lahko skozi vse leto opazujemo ob polojih, bregovih in plitvejših območjih lagune. Čaplja z nogami brodi po plitvi vodi in pred seboj preplaši ribice, ki jih potem spretno lovi z dolgim kljunom.
Odprta vodna površina severnega območja Bertoške bonifike je polna različne hrane za ptiče. Obilje sladkovodnega življenja, in sicer od vodnih rastlin do mnogih majhnih vodnih organizmov (paglavcev žab, ribic, vodnih hroščev, ličink kačjih pastirjev, mehkužcev, rakcev, maločlenarjev) privablja v močvirna območja naravnega rezervata množico vodnih ptic. Najbolj opazne so sive gosi, glasne in velike vodne ptice, ki se hranijo z rastlinsko hrano – koreninami, poganjki in listi vodnih rastlin ter travo na močvirnih travnikih. V času spomladanske selitve se tu hranijo in počivajo različne vrste rac.
Trstičje predstavlja zelo pomembno življenjsko okolje za številne živali, saj jim nudi varno zavetje ter prostor za gnezditev in prehranjevanje. Trstičje mora biti vedno poplavljeno z vodo, da lahko dobro uspeva. V njem so s pomočjo posebnih prilagoditev najdle svoj življenjski prostor rakar, čapljica, srpična trstnica in mnoge druge vrste ptic.
Na slanih tleh Škocjanskega zatoka lahko uspevajo le slanuše ali halofiti, saj so prilagojene za rast na slanih tleh morskih obrežij. Za njih so značilni mesnati listi in steblo. Najdemo jih na morskih obalah, na izlivnih delih rek v morje, na solinah in v obalnih mokriščih. Iz Afrike se vsako spomlad na gnezdišča v Evropi vračajo milijoni obvodnih ptic iz skupine pobrežnikov. Te dolgokljune in dolgonoge ptice poseljujejo mnoga različna življenjska okolja, največ vrst pa prebiva v močvirjih. Močvirni travniki naravnega rezervata so na selitveni poti dobrodošla postojanka kozicam, črnorepim kljunačem, rdečenogim martincem, togotnikom in drugim pobrežnikom.