Prva cerkev na tem mestu je stala že v 13. stoletju. Sezidali so jo leta 1262 čolnarji in ribiči, ki so živeli v tem delu mesta in jo posvetili svojemu zaščitniku svetemu Nikolaju. Prvotna cerkev je bila verjetno triladijska romanska bazilika s tremi apsidami.
V 15. stoletju je bila cerkev gotizirana. Sedanja stolna cerkev sv. Nikolaja je bila sezidana v začetku 18. stoletja. Glavna pobudnika za zidavo nove stolnice sta bila brata Janez Anton in Janez Gregor Dolničar, najbolj zaslužna člana Akademije operozov za razvoj likovne umetnosti v Ljubljani. Po bratih Dolničar je dobila ime ozka uličica, ki tik ob cerkvi povezuje Pogačarjev trg z Vodnikovim. Cerkev so pričeli graditi leta 1701 in je bila v zelo kratkem času dokončana. Do leta 1706 sta bila zgrajena stolpa, naslednje leto pa je bil obešen veliki zvon. Leta 1707 je bila cerkev slovesno posvečena ob navzočnosti odličnih gostov. Sedanjo kupolo je postavil skoraj 150 let kasneje stavbenik Matej Medved po načrtih inženirja Benedikta Mullerja. Stolnica je bila do danes večkrat prenovljena. Ljubljanska stolnica predstavlja ključni spomenik baročne dobe v Ljubljani kot pomembna kiparska, arhitekturna in slikarska celota. Notranjost je za obiskovalca posebno doživetje, saj izraža popolno harmonijo slikarstva, kiparskega okrasa in arhitekture. Na zunanjščini desno in levo od glavnega vhoda stojita v nišah kipa sv. Tomaža Akvinskega in sv. Bonaventure, še bolj desno pa je vzidan sklepnik s Kristusovo glavo iz okoli leta 1380, ki je prvotno krasil obok gotske cerkve. Vzhodno, južno in severno pročelje krasijo freske, ki predstavljajo Marijino oznanenje. V južno steno so v glavnem vzidani antični napisi grobnikov iz rimske Emone. V stolnico so bili vzidani na pobudo Janeza Gregorja Dolničarji in se zaradi tega imenujejo tudi Dolničarjev lapidarij. Namen je bil obuditi spomin na Emono kot predhodnico Ljubljane.
V večini gre za rimske nagrobnike, ko so bili najdeni v Ljubljani ali na Igu. Med nagrobnimi simboli izstopa delfin, ki je bil antični simbol posmrtne usode in je predstavljal srečno potovanje iz tega sveta v onostranstvo.