Cerkev sv. Klemena v Mojstrani se po ljudskem izročilu nahaja na mestu, kjer sta v letu 868 prenočevala brata sv. Metod in Ciril, ko sta papežu v Rim nesla kosti sv. Klemena. Prva cerkvica naj bi bila postavljena v 11. stoletju. Najprej pa je bila postavljena romanska kapela, ki je bila ovalne oblike in je imela precej nizek obok. Svojo končno podobo naj bi dobila v letu 1640, ko so jo zamenjali z leseno prednico.
Romanska kapela je danes vzidana v cerkveno ladjo in služi v namen prezbiterija. V obdobju baroka so cerkveno ladjo malce podaljšali, prizidali zvonik in dodali dve okni v zahodni steni. Podružnična cerkev sv. Klemena je zadnjo prezidavo imela v 19. stoletju, ko so ji povečali okna v ladijskem predelu. Oprema v cerkvi je lesena. Stranska oltarja sv. Andreja in sv. Valentina ter glavni oltar so narejeni v slogu neoklasicizma in prav tako iz 19. stoletja. Za glavnim oltarjem je manjša freska iz leta 1640, leseni kor pa ima letnico 1781.
Zunanjost sedanjega prezbiterija in zvonika je bogato poslikana. V zvoniku se nahaja zvon iz 14. stoletja, ki še danes vabi vernike k bogoslužju. Vratni portal, vsi okenski portali in tlak so narejeni iz Peraškega zelenega kamna – tufa. Avtor glavnega oltarja iz leta 1856 je znani arhitekt Ivan Vurnik, starejši iz Radovljice. Njegovo restavriranje je bilo dokončano v letu 2002.