Župna cerkev sv. Kozme in Damijana leži ob samem vhodu v vas, kjer je bilo nekdaj svetišče boginje zdravja Bonae. Najstarejši arhitektonski elementi, prezbiterij in del južne ladje, so iz 15. stoletja. Ob vratih na zunanji strani je kamnita plošča z vklesano letnico 1446.
Cerkev je bila nato prezidana v letih 1467 oziroma 1723. V tlorisu cerkev obsega obsežen enoladijski prostor za vernike in kor s petosminskim zaključkom. Kor je obokan z rebrastim obokom in je tako kot ladja brez opornikov. V njem so sicer ohranjena tri gotska okna preprostih oblik, vsa okna v ladji pa so v današnji obliki plod poznejših prezidav in prav tako tudi portali. Notranjščina cerkve ima sicer poznejši strop, vendar to nima večjega vpliva na značaj prostora, ki učinkuje povsem mediteransko, zato župno cerkev v Koštaboni po slogovni plati uvrščamo kot edino v celoti italijansko orientirano cerkev v koprskem zaledju. Glavni oltar, zgodnje baročen z renesančnimi elementi, je razdeljen na tri niše. V osrednji je Marija z Jezusom, v stranskih pa sv. Kozma in Damijan, zavetnika vasi. Ob oboku, ki loči cerkveno ladjo od prezbiterija, sta stranska oltarja s sv. Sebastijanom na levem in sv. Antonom na desnem, delo koprskega slikarja Bartolomea Gianellija. Tudi ostala dva oltarja sta lesena, na levem so podobe sv. Lucije, sv. Katarine in sv. Apolonije. V cerkvi je še lesena prižnica, kropilnik in krstni kamen ter kor z novimi orglami. Zvonik (16,29 m) ob južni steni je poznejši dodatek in ga lahko datiramo v pozno 19. stoletje. Na to kaže predvsem njegova neogotska zvonica z nenavadno balustrado, poleg tega pa je zakril tudi gotsko okno v južni strani kora. Na nekaterih kamnih zunanjega zidu cerkve so vklesana znamenja iz predkrščanske dobe (rogovi s krono in druga) in krščanske dobe (sidro, napis IHS...).
Ob zvoniku stoji doprsni kip duhovnika in istrskega pesnika Alojza Kocjančiča, ki je v Koštaboni župnikoval celih 25 let. Gre za delo akademskega kiparja Mirsada Begića. Poleg cerkve sv. Kozme in Damijana sta v Koštaboni še cerkev sv. Elia in cerkev sv. Andreja.