Reka Dragonja je značilna sredozemska reka, ki izvira v obronkih Šavrinskega gričevja oziroma Koprskih brd v slovenski Istri. Spada v območje Mestne občine Koper. Reka se vije po istoimenski dolini in ustvarja s svojimi pritoki slikovite slapove, meandre in tolmune.
Poleg tega se na območju nahajajo spodmoli, soteske, prodišča in ostale značilnosti, ki predstavljajo pomembno hidrološko, geološko in geomorfološko dediščino. Na pobočjih pa se raztezajo skrbno obdelani vinogradi, oljčni nasadi in ostalo sredozemsko rastje. Med pomembno kulturno dediščino se uvrščajo Mazurinov mlin pod Trsekom in Kodarinov mlin pod Koštabono, ki jih je bila nekdaj dolina polna. Dolina reke Dragonje se uvršča med najlepše naravne znamenitosti v slovenski Istri. Največji pritok reke Dragonje je v gornjem toku potok Stranica, ki izvira pod Trebešami in nato teče v okoli 20 metrov visokem slapu. V srednjem toku je njen največji pritok Pinjevec ali Rokava. Značilnosti reke v tem delu so pragovi, ki so nastali zaradi različne matične podlage. Malce pod sotočjem Dragonje in Pinjevca je pritok Supot, ki izvira nedaleč od Koštabone. Porečje reke je slabo razvito in vodni pretok je v večini odvisen od količine padavin (dežni režim). Zaradi tega je večina rečnih pritokov nestalnih, reka Dragonja pa se v poletnih mesecih spremeni v vrsto rečnih jezerc. Porečje je dokaj bogato z rečnimi ribami in raki, obsega pa okoli 95 km2. Predel od sotočja Dragonje in Rokave do povirnega predela je zaščiten z začasno občinsko uredbo o zavarovanem območju.
Reka Dragonja je ob izlivu v morje izoblikovala obsežno ravnino, na kateri so se razvile znamenite Sečoveljske soline, ki so največje delujoče soline v Sloveniji. Nekdaj je bila reka od izliva v Piranski zaliv do naselja Kaštel na Hrvaškem plovna za lahka plovila.